《企業(yè)所得稅法》第五十條規(guī)定：“居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)的，應(yīng)當(dāng)匯總計算并繳納企業(yè)所得稅�！蔽覈鴱�2008年起開始實 行法人所得稅制度，強調(diào)法人企業(yè)或組織為企業(yè)所得稅的納稅人，而非獨立核算的分支機構(gòu)將自動匯總到公司總部繳納企業(yè)所得稅，企業(yè)在設(shè)立分支機構(gòu)時，因此需 要謹(jǐn)慎選擇。

分公司與子公司的權(quán)衡
《公司法》第十四條規(guī)定：“子公司具有法人資格，依法獨立承擔(dān)民事責(zé)任；分公司不具有法人資格，其民事責(zé)任由公司承擔(dān)。”企業(yè)設(shè)立分支機構(gòu)，使其不具有法 人資格，且不實行獨立核算，則可由總公司匯總繳納企業(yè)所得稅。這樣可以實現(xiàn)總公司調(diào)節(jié)盈虧，合理減輕企業(yè)所得稅的負(fù)擔(dān)。當(dāng)然，在設(shè)置分支機構(gòu)時有三個因素 應(yīng)當(dāng)綜合考慮：
首先是分支機構(gòu)的盈虧情況，當(dāng)總公司盈利，新設(shè)置的分支機構(gòu)可能出現(xiàn)虧損時，應(yīng)當(dāng)選擇總分公司模式。根據(jù)稅法規(guī)定，分公司是非獨立納稅人，其虧損可以由總 公司的利潤彌補；如果設(shè)立子公司，子公司是獨立納稅人，其虧損只能由以后年度實現(xiàn)的利潤彌補，且總公司不能彌補子公司的虧損，也不得沖減對子公司投資的投 資成本。
當(dāng)總機構(gòu)虧損，新設(shè)置的分支機構(gòu)可能盈利時，應(yīng)當(dāng)選擇母子公司模式；子公司不需要承擔(dān)母公司的虧損，可以自我積累資金求得發(fā)展，總公司可以把其效益好的資產(chǎn)轉(zhuǎn)移給子公司，把不良資產(chǎn)處理掉。
其次是享受稅收優(yōu)惠的情況，按照稅法規(guī)定，當(dāng)總機構(gòu)享受稅收優(yōu)惠而分支機構(gòu)不享受優(yōu)惠時，可以選擇總分公司模式，使分支機構(gòu)也享受稅收優(yōu)惠待遇。如果分公 司所在地有稅收優(yōu)惠政策，則當(dāng)分公司開始盈利后，可以變更注冊分公司為子公司，享受當(dāng)?shù)氐亩愂諆?yōu)惠政策，這樣會收到較好的納稅效果。
再次是分支機構(gòu)的利潤分配形式及風(fēng)險責(zé)任問題，分支機構(gòu)由于不具有獨立法人資格，所以不利于進(jìn)行獨立的利潤分配。同時，分支機構(gòu)如果有風(fēng)險及相關(guān)法律責(zé)任，可能會牽連到總公司，而子公司則沒有這種擔(dān)憂。

分公司與子公司的選擇
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)［2008］28號）規(guī)定：企業(yè)實行“統(tǒng)一計算、分級管 理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。即企業(yè)總機構(gòu)統(tǒng)一計算包括企業(yè)所屬各個不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)、場所在內(nèi)的全部應(yīng)納稅所 得額、應(yīng)納稅額。但總機構(gòu)、分支機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)都有對當(dāng)?shù)貦C構(gòu)進(jìn)行企業(yè)所得稅管理的責(zé)任，總機構(gòu)和分支機構(gòu)應(yīng)分別接受機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)的 管理。在每個納稅期間，總機構(gòu)、分支機構(gòu)應(yīng)分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機關(guān)申報預(yù)繳企業(yè)所得稅。等年度終了后，總機構(gòu)負(fù)責(zé)進(jìn)行企業(yè)所得稅的年度匯算清 繳，統(tǒng)一計算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機構(gòu)、分支機構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補稅款。這樣，就為分支機構(gòu)合理節(jié)稅提供了政策依 據(jù)和保障。
當(dāng)企業(yè)設(shè)立分支機構(gòu)時，由于設(shè)立初期分支機構(gòu)面臨高昂的成本支出，所以虧損的概率較高，通常采用分公司的形式較為合適，可以享受和總部收益盈虧互抵的好 處。經(jīng)過兩三年的經(jīng)營期間，分公司開始轉(zhuǎn)虧為盈時，再把分公司變更注冊為子公司，這樣可以降低分支機構(gòu)對總機構(gòu)的法律影響。

八類分支機構(gòu)不需要就地預(yù)繳所得稅
根據(jù)財政部、國家稅務(wù)總局、中國人民銀行關(guān)于印發(fā)《跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理暫行辦法》的通知（財預(yù)［2008］10號）等相關(guān)文件規(guī)定， 以下八類分支機構(gòu)不需要就地預(yù)繳企業(yè)所得稅，這為總部和分公司匯總納稅提供了更為優(yōu)越的條件，可以更好地享受總分機構(gòu)匯總納稅政策，避免了因分公司就地預(yù) 繳企業(yè)所得稅而造成貨幣時間價值的損失，這八類企業(yè)是：
1.垂直管理的中央類企業(yè)，其分支機構(gòu)不需要就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。如中國銀行股份有限公司、國家開發(fā)銀行、中央?yún)R金投資有限責(zé)任公司、中國石油天然氣股份有限公司等繳納所得稅未納入中央和地方分享范圍的企業(yè)。
2.三級及以下分支機構(gòu)不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅，其經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級分支機構(gòu)。
3.分支機構(gòu)不具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營的職能部門時，該不具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營的職能部門不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。如果分支機構(gòu)具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營的職能部門，但其經(jīng)營 收入、職工工資和資產(chǎn)總額與管理職能部門不能分開核算的，則該獨立生產(chǎn)經(jīng)營部門也不得視同一個分支機構(gòu)，其企業(yè)所得稅允許和總部匯總繳納，而不需要就地預(yù) 繳企業(yè)所得稅。
4.不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且在當(dāng)?shù)夭焕U納增值稅、營業(yè)稅的產(chǎn)品售后服務(wù)、內(nèi)部研發(fā)、倉儲等企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級及以下分支機構(gòu)，不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。
5.上年度認(rèn)定為小型微利企業(yè)的，其分支機構(gòu)不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。
6.新設(shè)立的分支機構(gòu)，設(shè)立當(dāng)年不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。
7.撤銷的分支機構(gòu)，撤銷當(dāng)年剩余期限內(nèi)應(yīng)分?jǐn)偟钠髽I(yè)所得稅款由總機構(gòu)繳入中央國庫。
8.企業(yè)在中國境外設(shè)立的不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)，不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。